داستان سطان محمود و ابوریحان بیرونی بسیار معروف است. نظامی عروضی سمرقندی آن را در کتاب «چهار مقاله» در مقالۀ سوم، بخش نجوم آورده است.
با زبان فشرده‌تر حکایت چنین است که روزی سلطان محمود در غزنین در باغ هزار درخت که چهار دروازه داشت به شادخواری نشسته بود. در آخر روی به ابوریحان کرد و گفت: «من از این چهار در از کدام در بیرون خواهم رفت؟ حکم کن و اختیار آن را بر پاره کاغذ نویس و بر زیر نهالی من نه!
ابوریحان اسطرلاب خواست و ارتفاع بگرفت و طالع درست کرد و ساعتی اندیشه نمود و بر پاره کاغذی بنوشت و در زیر نهالی نهاد، محمود گفت: حکم کردی؟ گفت: کردم.
محمود بفرمود تا کَننده و تیشه و بیل آوردند، بر دیواری که بر جانب مشرق است دری پنجمین بکندند و از آن در بیرون رفت. و گفت آن کاغذپاره بیاورند.
بوریحان بر وی نوشته بود: که از این چهار در هیچ بیرون نشود بر دیواری مشرق دری کنند و از آن در بیرون شود.
محمود چون بخواند طیره گشت و بفرمود او را به میان سرای فرو اندازند، چنان کردند. مگر با بام میانگین دامی بسته بود. بوریحان بر آن دام آمد و دام بدرید و آهسته بر زمین فرود آمد چنان که برِ وی افگار نشد.
محمود گفت: او را بر آرید! بر آوردند، گفت: یا بوریحان از این حال باری ندانسته بودی؟ گفت: ای خداوند! دانسته بودم. گفت: دلیل کو؟ غلام را آواز داد و تقویم از غلام بستد و تحویل خویش از میان تقویم بیرون کرد، در احکام آن روز نوشته بود که مرا از جای بلند بیندازند و لیکن به سلامت بر زمین آیم و تندرست برخیزم.
این سخن نیز موافق رای محمود نیامد. طیره گشت، گفت: او را به قلعه برید و باز دارید! او را به قلعه باز داشتند و شش ماه در آن حبس بماند.»
عروضی سمرقندی، چهار مقاله، صدای معاصر، ۱۳۸۸، ص۹۴
شش ماه که از زندان ابوریحان بیرونی می‌گذرد، و آن گونه که عروضی روایت می‌کند، روزی خواجۀ بزرگ احمد حسن میمندی چون در شکارگاهی، سلطان را خوش و سرحال می‌یابد، از ابوریحان یاد می‌کند و سلطان هم حکم به آزادی او می‌دهد. به او خلعت شاهانه می‌دهد، هزار درم، کنیزکی و غلامی. سلطان به ابوریجان می‌گوید: «ای بوریحان! اگر خواهی که از من بر خوردار باشی سخن بر مراد من گوی، نه بر سلطنت علم خویش!»
وقتی به چنین روایت‌هایی می‌رسیم در می‌یابیم که دانش‌مندان از چه سنگلاخ‌های خونین و راه‌کوره‌های تاریک و مرگ‌آور گذشته‌اند که دانش خود را به ما رسانده‌اند.
یک چنین روایت‌هایی در سر گذشت فلسفه و دانش چه در باخترزمین و چه در خاورزمین بسیار دیده شده است که از شنیدن چنان روایت‌هایی دل انسان فشرده می‌شود.
مولانا جلال‌الدین محمد بلخی در مثنوی معنوی با ارائۀ تمثیل زیبایی به چنین دردی اشاره دارد.
دشمن طاووس آمد پرّ او
ای بسی شه را بکشته فرّ او
گفت: من آن آهوم کز ناف من
ریخت این صیاد خون صاف من
ای من آن روباهِ صحرا کز کمین
سر بُریدندش برای پوستین
ای من آن پیلی که زخم پیلبان
ریخت خونم از برای استخوان
مثنوی معنوی، تصحیح، عبدالکریم سروش، انتشارات علمی و فرهنگی، ۱۳۸۰، ص ۱۴
در درازی تاریخ بسیار پیش آمده است که چگونه دانش‌مندان، متفکران و اهل خرد و فلسفه را تنها و تنها به جرم آزاداندیشی و دانایی و توطئۀ حسودان، شکنجه کرده‌اند، زندانی کرده‌اند و کشته‌اند تا از گسترش اندیشه‌های آنان پیش‌گیری کنند.
ستیز تاریکی با روشنایی و ستیز نادانی با دانایی درد همیشه‌گی انسان در تاریخ بوده است. دردی که هم‌چنان ادامه دارد و ادامه می‌یابد. در این میان کسانی که سخن به مراد سلطان می‌گویند، به مراد دل می‌رسند و آب از کاسۀ بلُورین می‌نوشند. کسانی هم که سخن به مراد دانش می‌گویند اگر سلطان را خوش نیاید دیگر همه چیز تمام است. برای آن که در روزگار حاکمیت شیطان، گلوی حقیقت تابان با تیغ نادانی سلطان بریده می‌شود.
پرتو نادری